Академия наук Казахской ССР под началом Сатпаева
Придя в 1943 году в КазФАН СССР заведующим сектором энергетики, Чокин принимал активное участие в создании Академии наук Каз ССР. Со дня её основания, в 1946-м, он занимал в её системе ключевые должности. Изначально был директором КазНИИ энергетики, который до 1963 года входил в её состав. Затем, в том же 1946 году, к этой должности добавилась обязанность заместителя председателя отделения минеральных ресурсов.
С 1954 по 1955 годы Чокин был председателем этого отделения.
С 1954 по 1968 годы академик являлся членом Президиума Академии наук Казахской ССР и принимал активное участие в её управлении.
С 1955 по 1962 годы работал на должности главного учёного секретаря Президиума Академии наук Казахской ССР.
Воспитание и всяческая поддержка научных кадров, создание в академии творческой и дружественной атмосферы, близкое взаимодействие с Академией наук СССР и республиканскими академиями в целях взаимного обмена опытом — всё это были особенности работы Академии наук КазССР в период президентства Сатпаева. Шафик Чокин, считая выбранный курс развития Академии правильным, всячески поддерживал её президента во многих сферах.
Избрание и освобождение от должности
В 1964 году, после смерти академика Сатпаева, Шафик Чокин был избран Президентом Академии наук Казахстана. Избранию предшествовали беседы и споры в ЦК КПСС и ЦК КП Казахстана и союзное руководство пришло к выводу, что на тот момент это был наиболее подходящий кандидат. Занимая должность главы Академии, Чокин придерживался стиля руководства и продолжал традиции её основателя и первого президента Сатпаева. Однако в скором времени вокруг Академии наук и её президента Чокина начали «сгущаться тучи».
Академию начали посещать комиссии, появились недовольства и придирки со стороны руководства Республики. Об этом стало известно в ЦК КПСС.
В связи с этим в мае 1966 года прибыла комиссия Академии наук СССР во главе с её президентом М. В. Келдышем. Была подробно изучена деятельность АН КазССР и Чокина, как президента. Келдыш и остальные члены комиссии остались довольны работой республиканской Академии и её руководителя. Положительная оценка отражена в постановлении Президиума Академии наук СССР № 579 от 26.06.1966 г. Однако в 1967 году Шафик Чокин был снят с поста президента Академии наук КазССР. В книге «Путь Национальной Академии наук» он так описывает эти события:
…В начале апреля 1967 года меня вызвали на заседание Бюро ЦК Компартии Казахстана для обсуждения моей деятельности. Заседание проходило при закрытых дверях, руководил им Д. А. Кунаев, почему-то протокольные записи не проводились…Члены Бюро ЦК сидели, как в рот воды набрали. Только второй секретарь ЦК партии В. Титов, председатель Совмина М. Бейсебаев и председатель Верховного Совета С. Б. Ниязбеков предложили мне подать заявление об освобождении от должности президента Академии наук. Я наотрез отказался сделать это…
Однако в этой ситуации имеет место противоречие. Д. А. Кунаев, бывший в то время первым секретарём ЦК Компартии Казахстана, пишет по этому поводу в своей книге воспоминаний:
После смерти Сатпаева президентом стал Ш. Ч. Чокин, учёный-энергетик… Чокин проработал небольшой срок и был освобождён от обязанностей президента по его просьбе.
Партийная деятельность
Наряду с наукой, Шафик Чокин также принимал участие в партийной жизни страны.
В 1942-1952 годы он избирался депутатом Фрунзенского районного Совета народных депутатов города Алма-Аты.
В 1956-1962 годы Чокин был членом Алма-Атинского горкома партии, депутатом Алма-Атинского городского Совета народных депутатов. Будучи президентом Академии наук, академик избирался депутатом Верховного Совета СССР 6 созыва, заместителем Председателя Совета Союза Верховного Совета СССР 6 созыва.
С 1966 по 1971 годы был членом ЦК Компартии Казахской ССР.